KARAKTERISASI GENETIK PRIBUMI POPULASI KAMBING Mozambik

oleh Carmen Maria Pedro Lucas Garrine Disampaikan dalam pemenuhan sebagian persyaratan untuk tingkat Master of Science dalam Departemen Studi Produksi Ternak Fakultas Kedokteran Hewan, University of Pretoria Submitted Tanggal: Januari 2007 Pernyataan Ini adalah karya asli saya dan telah diserahkan kepada Universitas Pretoria untuk gelar Master Science. Carmen Maria Pedro Lucas Garrine Disertasi ini telah diserahkan untuk pemeriksaan dengan persetujuan saya sebagai pengawas: Saya. Heleen Els Bertindak Manager: OTAU ONDERSTEPOORT University of Pretoria Prof Antoinette Kotzé National Zoological Gardens, Pretoria Manajer Riset Associate Professor: Departemen Ilmu Tanaman: Genetika, Universitas Bebas Negara, Bloemfontein Ringkasan KARAKTERISASI GENETIK POPULASI KAMBING DARI MASYARAKAT Mozambik Dengan Carmen Maria Pedro Lucas Garrine Supervisor: Me. Heleen Els Co-Supervisor: Prof Antoinette Kotzé Jurusan: Ilmu Produksi Ternak Gelar: MSc karakterisasi genetik kambing Mozambik dilakukan dengan menggunakan penanda mikrosatelit. DNA genomik dari 160 binatang yang tidak terkait dari 4 propinsi diekstraksi dan PCR- diperkuat dengan panel 17 penanda mikrosatelit. amplifikasi PCR divisualisasikan menggunakan 5% polyacrylamide gel elektroforesis pada sequencer 377 ABI otomatis. The data yang ditangkap dengan Genescan 3.1 software dan analisis data dilakukan dengan menggunakan Genotyper 2.0 untuk menentukan ukuran fragmen dalam pasangan basa. Para mikrosatelit yang dipilih dalam penelitian ini diperkuat dengan baik di kambing. Frekuensi alel berkisar antara 0,010-0,99 untuk setiap mikrosatelit tertentu. Alel unik untuk tertentu populasi yang diamati dengan Pafuri kambing menunjukkan jumlah tertinggi (13) dengan alel frekuensi berkisar 0,013-0,307. The MNA berkisar dari 5,59 di Tete populasi 6,94 pada populasi Pafuri di semua individu. Yang diamati heterosigositas (Ho) nilai berkisar dari 53% untuk penduduk Maputo sampai 59% untuk Pafuri penduduk. Estimasi rata-rata heterosigositas diamati untuk semua populasi adalah 56%. Perkiraan jarak genetik Nei (1972) digunakan dan berkisar antara 0,037 sampai 0,205. Jarak genetik terbesar diamati antara Maputo dan Pafuri ix populasi. Aliran gen tertinggi (8,36) diamati antara Tete dan Maputo populasi. 84,38% dari populasi yang diteliti adalah benar ditugaskan untuk asli mereka populasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Pafuri dan Cabo Delgado populasi adalah yang paling berbeda di semua populasi kambing Mozambik. Ada variasi genetik yang cukup dalam Mozambik kambing populasi dengan diferensiasi genetik yang berbeda antara Cabo Delgado dan kambing Pafuri dan Maputo dan kambing Pafuri yang menunjukkan bahwa mereka benar-benar berbeda keturunan. BAB 1 TINJAUAN LITERATUR 1.1. Revolusi ternak Beberapa kontributor merujuk pada "revolusi peternakan" sangat permintaan dipimpin yang mengambil terjadi sebagai hasil dari penduduk dunia tumbuh pesat, pertumbuhan pendapatan, peningkatan urbanisasi, perubahan gaya hidup dan preferensi makanan. Selain itu, global drive untuk perubahan di sektor peternakan tertentu termasuk meningkatkan kekhawatiran konsumen kesehatan, terus pertumbuhan rantai makanan cepat saji dan konsumsi peningkatan kenyamanan makanan olahan (publikasi FAO, 2004). Pada tahun 1998 populasi manusia total sub-Sahara Afrika diperkirakan 570 juta, dimana lebih dari 60% tergantung pada pertanian sebagai sumber penghasilan. Ini adalah dibandingkan dengan 76% pada tahun 1975 dan 65% pada tahun 1994. Namun, diproyeksikan populasi meningkat (Pertumbuhan diperkirakan sebesar 2,5% per tahun), akan meningkatkan permintaan atas Afrika pertanian di masa depan. luas wilayah Afrika yang tidak cocok untuk produksi tanaman (sekitar 65%) terutama di sekitar daerah gurun di mana hanya ternak yang cocok untuk digunakan dalam sistem pertanian (FAO publikasi, 2000a). Antara tahun 1995, dan 2020 sekitar 97,7% dari peningkatan populasi global akan di negara-negara berkembang, dimana dalam waktu 84% dari penduduk dunia (yang diperkirakan 6,3 miliar) akan hidup di negara berkembang. Permintaan daging di negara berkembang akan ganda pada tahun 2020. Antara pertengahan 1970-an dan 1995, konsumsi daging dalam pengembangan dunia naik dari 11 kg menjadi 23 kg per orang. Dua kontributor utama adalah Cina dan Brasil. Jika China dan Brasil tidak termasuk, peningkatan per orang per tahun berasal dari 11 kg menjadi 15 kg per kapita (FAO publikasi, 2004). 1 Permintaan global untuk daging diharapkan tumbuh sebesar 57% dari 208 juta ton pada tahun 1997 untuk 326 ton pada tahun 2020, sementara permintaan daging di sub-Sahara Afrika diharapkan meningkat dari 5,5 juta metrik ton menjadi 11,2 juta metrik ton selama periode yang sama (Thairu - Muigai, 2002). Peningkatan dalam permintaan untuk produk hewan, yang diistilahkan sebagai "Ternak Revolusi", telah dimulai dan telah dibawa oleh perubahan diet kelas menengah yang muncul di negara-negara berkembang (Delgado et al, 1998.). Permintaan global daging unggas akan meningkat hingga 85%, daging sapi sebesar 80% dan daging babi oleh 45% pada tahun 2020. Pertumbuhan konsumsi daging dan susu di negara berkembang adalah diperkirakan 2,8% dan 3,3% per tahun dari 1990 dan 2020, berbeda dengan 0,6% dan 0,2% di negara maju (Delgado et al, 1998.). Konsumsi di negara berkembang ditentukan oleh daya beli dan semakin besar konsumsi daging dan susu akan dirangsang oleh pertumbuhan ekonomi dan lebih pakai pendapatan di kelas, tengah tumbuh lebih sejahtera. Dalam rangka untuk memenuhi permintaan, harus ada peningkatan global yang terkait dalam produksi ternak, terutama di sub-Sahara Afrika di mana kebutuhan ini diantisipasi. Bagian dari strategi peningkatan produksi ternak di sub-Sahara Afrika harus dibawa melalui penggunaan bibit ternak pribumi. Selama berabad-abad keturunan ternak adat telah menyediakan orang-orang Afrika dengan makanan, pakaian, kekuasaan draft, pupuk kandang dan keuangan keamanan serta digunakan untuk tujuan budaya, agama dan berbagai rekreasi (Thairu - Muigai, 2002). Kebutuhan untuk mencapai ketahanan pangan sekarang lebih besar daripada sebelumnya. Satu dari enam individu di dunia saat ini tidak memiliki cukup makanan dan banyak orang di sub- Sahara Afrika menderita kekurangan kalori atau protein yang cukup (publikasi FAO, 1999). Makanan pokok penduduk Afrika seperti kalori jagung dan beras menawarkan namun miskin di mikro atau protein. Meskipun dimungkinkan untuk mendapatkan cukup protein dari sayuran, maka kemudian perlu untuk makan berbagai macam, sesuatu yang miskin di Afrika tidak bisa lakukan. Ternak merupakan sumber protein yang sangat baik berkualitas tinggi, mineral, vitamin dan mikro untuk orang-orang Afrika, terutama di daerah penuh semi-kering dan Tsetse-terbang di mana eksotis bibit ternak tidak dapat bertahan hidup (FAO publikasi, 2000a). Ternak berkontribusi untuk ketahanan pangan dengan menyediakan daging, susu, darah dan daging dan susu produk. Kontribusi produksi ternak dengan nilai ekonomi global makanan dan pertanian telah diperkirakan antara 25 dan 35% terhadap Produk Domestik Bruto (PDB) (Thairu - Muigai, 2002). Ini merupakan indikator pentingnya ternak ekonomi nasional. Daging, susu, kulit, wol, pupuk dan biaya yang dibebankan untuk daya draft membuat penting kontribusi di sub-Sahara Afrika pada tingkat rumah tangga. Telah diperkirakan bahwa sampai 1,96 miliar orang mengandalkan ternak untuk memasok sebagian atau seluruh kebutuhan mereka sehari-hari. Ada, akibatnya, kebutuhan untuk konservasi dan pemanfaatan yang berkelanjutan dari adat sumber daya genetik ternak yang ditemukan di benua Afrika (publikasi FAO, 2000a). 1.2. Penduduk asli sumber daya genetik ternak sub-Sahara Afrika Sub-Sahara Afrika khususnya merupakan sumber penting sumber daya genetik ternak dengan kekayaan keanekaragaman hewan peliharaan. Ini telah dihasilkan sebagai tanggapan terhadap berbagai tantangan yang dihadapi oleh hewan, terutama berbagai macam zona agro-ekologi dan sejumlah besar penyakit endemik. Faktor-faktor ini, ditambah dengan sering kelaparan dan ketidakstabilan politik, tempat berbagai tuntutan pada ternak, yang tidak dapat dipenuhi oleh berkembang biak satu atau bahkan oleh sejumlah kecil keturunan (FAO publikasi, 2000b). Estimasi Jumlah spesies organisme hidup di bumi telah bervariasi dari 2 juta sampai 100 juta, dengan perkiraan terbaik dari sekitar 10 juta spesies, dimana hanya 1,4 juta telah diklasifikasikan (publikasi FAO, 2000 b). Dari ini, FAO telah 3 Diperkirakan ada sedikit di atas 40 spesies ternak yang sekitar 30, diwakili oleh keturunan diperkirakan 4.500 / strain, memiliki adat representasi di Afrika (Thairu - Muigai, 2002). Pada tahun 1995, 317 bibit mamalia dan burung telah dicatat di wilayah Afrika dalam global bank data untuk Farm Genetika Hewan Sumberdaya. Sejak itu, satu burung dan 315 keturunan mamalia telah ditambahkan, meningkatkan jumlah data yang dicatat untuk wilayah Afrika sebesar 1% dan 99% masing-masing untuk memberikan total 738 keturunan. Anehnya, di bank data untuk Farm Animal Genetic Resources di mana status risiko mamalia dan keturunan unggas dicatat untuk setiap jenis di daerah Afrika sampai dengan tahun 1995 dan sampai 1999 adalah ditampilkan, hanya 14% (95 dari 699) dari keturunan yang ada dikategorikan sebagai beresiko. Ini adalah diyakini menjadi kotor meremehkan situasi yang sebenarnya, terutama karena kurangnya informasi (Sherf, 2000). Meskipun bias seperti itu, ketika set data lengkap secara tidak langsung dibandingkan, beberapa kecenderungan jelas. Sebagai persentase dari jumlah yang ada keturunan yang memiliki populasi data (dan karenanya status risiko diketahui), jumlah keturunan mamalia tercatat di kawasan Afrika terancam punah meningkat dari 8% (dari 179) menjadi 19% (dari 388) sejak tahun 1995. Kambing Pafuri Mozambik termasuk dalam daftar ini. Angka ini mengkhawatirkan dan upaya harus dilakukan untuk mendorong pemeliharaan negeri ini hewan di mana sumber daya genetik beresiko (publikasi FAO, 2000 b). 1.3. Penggantian keanekaragaman hewan hilang keanekaragaman binatang peliharaan tidak dapat diganti. Sebanyak bioteknologi mungkin novel upaya untuk memperbaiki keturunan, tidak mungkin untuk mengganti kehilangan keanekaragaman khususnya selama horizon waktu sekarang diperlukan untuk memenuhi imperatif yang disebabkan manusia. Dalam prakteknya, kehilangan keragaman selamanya. Bioteknologi menawarkan kesempatan untuk lebih baik karakter, memanfaatkan, melestarikan dan mengakses sumber daya genetik ternak untuk pangan dan produksi pertanian. Namun, tidak ada sebuah teknologi yang ada juga tidak ada kemungkinan akan masa depan 4 bioteknologi dengan kapasitas untuk membuat dan sama dengan keragaman alami di dunia saat ini. Memberikan bahwa keragaman melekat berhubungan dengan binatang peternakan Spesies ini dilestarikan sebagai toko perubahan potensi genetik, dan perbaikan yang ada keturunan akan terus terjadi secara alami dari waktu ke waktu dalam menanggapi berbagai dinamika lingkungan, manusia yang berubah kebutuhan dan melalui pergeseran genetik (Sherf, 2000). Sampai saat ini, hanya sejumlah kecil gen rekayasa telah terbukti bermanfaat bagi peningkatan produksi tanaman. Beberapa kultivar tanaman transgenik makanan utama menggabungkan ketahanan terhadap stres faktor-faktor seperti suhu, hama dan herbisida dan dengan potensi untuk memproduksi suplemen makanan ditambahkan telah berhasil diproduksi. Penggunaan dan distribusi tanaman tersebut meningkat pesat. Hewan, bagaimanapun, adalah lebih kompleks dan mahal dibandingkan tanaman. Semua hewan mengandung sekitar 80 000 gen yang semuanya berinteraksi dalam sistem kompleks dengan satu sama lain (Weller, 2001 & publikasi FAO, 2000 b). kombinasi unik gen bertanggung jawab untuk kebugaran adaptif berkembang biak diperlukan untuk produksi di suatu lingkungan tertentu. Transgenik perubahan kepada individu gen sekarang menjadi mungkin. Dalam waktu dekat ini mungkin akan mulai melengkapi klasik pemuliaan menawarkan praktek selektif ditambahkan kesempatan untuk mewujudkan ketahanan pangan. Potensi risiko dalam melakukan hal ini perlu dinilai pada kasus- oleh-kasus dasar terhadap manfaat mencapai perbaikan genetik lebih cepat dalam makanan dan produksi pertanian (FAO publikasi, 2000 b). Biaya manajemen yang dibutuhkan dalam mempertahankan kolam renang yang ada genetik ternak keanekaragaman sedemikian rupa untuk melindungi dan mempersiapkan berbagai tak tentu, menggunakan masa depan yang tidak terduga, bagaimanapun, dapat diabaikan dibandingkan dengan biaya besar yang terlibat dalam pengembangan bioteknologi. Selain itu, meskipun bioteknologi dapat memberikan kontribusi perbaikan pertanian dan upaya bantuan konservasi, sama sekali tidak melakukannya memiliki kemampuan untuk menghasilkan keragaman jika hilang. Untuk negara-negara berkembang, praktek yang baik pengelolaan dada harta mereka potensi genetik tetap merupakan pilihan yang paling layak dan penting untuk menjamin keberlanjutan masa depan produksi ternak untuk pertanian (Sherf, 2000). 1.4. Asal usul kambing peliharaan 1.4.1. Distribusi dan evolusi kambing Karena zaman tak diragukan kambing dan distribusi saat ini lebih dari sebagian besar dunia dihuni, ada baiknya untuk menyelidiki keturunan dan evolusi kemungkinan. Bukti arkeologis menunjukkan bahwa hal itu telah dikaitkan dengan manusia selama sampai 10 000 tahun. Meskipun ditemui hari ini di wilayah geografis yang lebih luas dari yang lainnya peternakan hewan peliharaan, banyak kebingungan telah muncul dalam upaya klasifikasinya (Perancis, 1980). Kambing berasal dari suku Caprini dari keluarga Bovidae berlubang- bertanduk ruminansia dalam subordo Ruminantia dalam urutan mamalia dari Artiodactyla (Perancis, 1980 & Zeuner, 1963). Banyak yang telah ditulis dan menduga mengenai asal usul kambing tapi ada tidak memadai informasi faktual yang mengembangkan apapun kesimpulan akhir. Walaupun disarankan bahwa jenis Caprini dikembangkan dari jenis Miosen leluhur, fosil paling awal bukti dari hewan kambing-suka, Tossunoria, dicatat dari Pliosen Bawah di timur Cina. Kambing masih ditemukan di Eropa dan Asia menunjukkan bahwa, dengan waktu Pleistosen, hewan-hewan ini telah menjadi jauh lebih umum dan lebih dekat yang berkaitan dengan spesies Capra dan Hamitragus yang masih ada saat ini (Perancis, 1980). The caprini suku ini terdiri dari lima genera. Dua dari ini, Capra dan Hemitragus, adalah kambing benar; satu genus, Ovis adalah domba, dan dua genera: Ammotragus dan Pseudois adalah kambing-seperti domba atau kambing domba-suka. Menurut pendapat taksonomi terbaru dua genera kambing sejati dibagi menjadi tiga jenis Hemitragus atau Tahrs dan enam dari Capra. Semua Tahrs memiliki jumlah kromosom yang sama (2n = 48). Sebagian besar spesies Capra adalah interfertile meskipun untuk beberapa pasangan tidak ada persilangan dicatat, semua spesies diperiksa (Bezoar, Ibex dan Markhor) memiliki jumlah yang sama kromosom (2n = 60) (Payne & Wilson, 1999). Ada kambing Eropa telah cukup baik dijelaskan, didokumentasikan dan diklasifikasikan tetapi ini tidak mengizinkan pemahaman tentang asal mereka sebelum penampilan mereka di Eropa. 6 Jauh lebih sedikit bibit dan jenis telah dilaporkan dari antara jenis yang berbeda dari kambing ditemukan di Afrika, Asia dan hanya sejumlah relatif kecil dari keturunan dari benua telah cukup dibedakan dan dicirikan, terutama karena mereka sudah tidak mencukupi dipelajari oleh ahli zoologi (Perancis, 1980). 1.4.2. Kambing liar Ini adalah salah satu dari beberapa klasifikasi kambing liar dan saran bahwa seseorang dapat menulis otoritatif tentang asal-usul kambing akan menjadi bodoh karena perbedaan pendapat masih ada tentang hal ini meskipun spekulasi besar oleh para ilmuwan (Perancis, 1980). Sejumlah subspesies dari kambing liar masih ditemui di Pyrenees dan dapat ditelusuri dari sana, melalui Alpen dan wilayah pegunungan di Eropa Timur, ke Kaukasus dan seterusnya sepanjang tempat yang lebih tinggi dari Timur dekat Himalaya dan pusat massifs gunung Asia. Cabang-cabang dari rantai yg berhubung dgn kambing jantan ini ke kambing liar ditemukan di Ethiopia, Saudi bagian selatan dan India selatan (Perancis, 1980). Kambing liar yang masih ada termasuk caucasica Turs C. yang agak menyerupai yang Ammotragus seperti kambing domba. Hewan ini memiliki tanduk besar yang berat, yang hampir lingkaran di bagian dan kurva ke luar, ke atas dan ke belakang. Mereka hanya ditemukan di Kaukasus Pegunungan (Perancis, 1980). Kelompok Ibex lebih bervariasi dan lebih luas. Ada dua spesies dan sembilan subspesies Ibex dapat ditemukan di Eropa, Asia dan Afrika. The Ibex Spanyol, C. pyrenaica, memiliki bentuk tanduk mirip dengan Trus, dengan yang kelompok itu kadang-kadang disertakan. Tepi dalam tajam dari tanduk keel memberikan tanduk penampang agak segitiga, yang tepi depan yang biasanya diikat oleh pegunungan silang (Perancis, 1980). 7 Keempat subspesies dari kambing liar tertentu yang ditemukan di Semenanjung Iberia. The spesies lain, C. Ibex, telah lama, pedang berbentuk tanduk yang melengkung ke belakang dan ditandai dengan baik pegunungan silang di ujung depan yang rata mereka. Lima subspesies Ibex C. adalah Alpine Ibex dengan telinga kecil dan janggut, yang Ibex Kaukasia yang agak mirip dengan Turs, yang Ibex Siberia yang merupakan terbesar dan paling luas kelompok dan telah besar tanduk dan jenggot besar, Ibex Nubia yang telah lama, tanduk melengkung ramping mundur, panjang telinga dan jenggot panjang dan Ibex Abyssinian yang memiliki jenggot lebih pendek dan tebal tanduk daripada subspesies Nubia. Tidak seperti kambing liar lainnya, kambing Nubian memiliki profil wajah cembung (Perancis, 1980). The Bezoars atau Pesangs adalah kambing liar dengan tanduk, yang naik vertikal dari kepala dan kemudian arch mundur dalam kurva, panjang pedang berbentuk. tanduk mereka memiliki tajam anterior keel bukan permukaan, luas bubungan dari spesies sebelumnya. Mereka merupakan spesies hircus C. di mana ada dua subspesies, Persia dan Sind kambing liar (Perancis, 1980). The Markhor besar kambing sangat dibangun dan memiliki jenggot yang besar. tanduk mereka twist ke atas dan mundur dalam spiral dan telah anterior tajam dan keels posterior. Ini C. falconeri terdiri dari tujuh subspesies, dikenali oleh twist dari tanduk, yang bervariasi dari bentuk melengkung dengan spiral terbuka untuk bentuk hampir lurus dengan sekrup seperti spiral. Para Markhors ditemui di pegunungan dari Afganistan ke Kashmir (Perancis, 1980). Ketiga spesies sisa kambing liar, yang merupakan kelompok Tahr, milik genus Hemitagrus. Kelompok ini berbeda dari genus Capra dengan karakteristik yang lebih pendek dan tebal tanduk, yang menyapu mundur dalam kurva mulus dan hanya sedikit lebih lama dari kepala. Jantan dari kelompok Tahr tidak memiliki jenggot dan rambut agak panjang dan shaggy. Tiga subspesies adalah Himialayan, yang Nilgiri dan Tahrs Arab, terakhir merupakan terkecil dari kambing dikenal (Perancis, 1980). 8 1.4.3. Domestikasi kambing Kambing hampir pasti ruminansia pertama yang dijinakkan (Devendra & Mcleroy, 1982) dan kemungkinan spesies kedua yang akan diambil ke dalam humanfold setelah anjing (Zeuner, 1963). Selatan-Asia Barat (Iran & Irak) adalah asal paling mungkin dari domestikasi spesies dari bezoar, aegagrus C. (Payne & Wilson, 1999). Walaupun tidak pasti, bukti yang tersedia dari morfologi komparatif dan pemuliaan percobaan menunjukkan bahwa bezoar Asia barat merupakan nenek moyang utama sebagian besar domestik kambing (Devendra & Mcleroy, 1982). Bukti arkeologis menunjukkan bahwa kambing, dalam bentuk nenek moyang mereka yang liar bezoar (C. aergagrus), adalah herbivora liar pertama yang dijinakkan (Fig.1.1). Ini studi menunjukkan bahwa hal ini terjadi sekitar 10.000 tahun yang lalu pada awal dari Nelotic di wilayah yang dikenal sebagai Bulan Sabit Subur. Zeder & Hesse (2000) menegaskan bahwa daerah bulan sabit subur di Timur Dekat adalah pusat domestikasi untuk luar biasa array tanaman utama hari ini pertanian dan peternakan. Gandum, barley, rye, lentil, domba, kambing dan babi semua awalnya dikendalikan manusia di luas daerah yang membentang dari selatan Levant melalui Turki selatan timur dan utara Suriah, ke gunung padang rumput dataran tinggi dan dataran rendah Zagros gersang dari Irak dan Iran. Untuk lebih dari 50 tahun para peneliti telah berusaha untuk mendefinisikan urutan, penempatan temporal, dan sosial dan lingkungan konteks domestikasi. Mereka menggambarkan penelitian terbaru yang menggunakan sebuah studi modern aegagrus hircus kambing liar C. untuk mengembangkan tegas domestikasi kambing penanda awal, yang kami gunakan untuk kumpulan yang terletak baik di dalam dan di luar jangkauan alami kambing liar di kawasan timur sabit subur, panjang dianggap sebagai jantung awal domestikasi kambing (MacHugh & Bradley, 2001). Luikart dan rekan menambahkan hircus C. ke daftar pertumbuhan hewan domestik yang memiliki secara luas disurvei untuk variasi urutan mtDNA. Dalam survei, mereka menunjukkan bahwa struktur dan distribusi variasi mtDNA pada kambing dalam negeri secara kualitatif 9 berbeda dari pola diamati pada herbivora lain Eurasia besar dimanfaatkan untuk makanan, kulit dan serat (sapi, kerbau, babi, dan domba) (MacHugh & Bradley, 2001). Diasumsikan bahwa kambing itu akan telah awalnya lebih bermanfaat secara ekologis untuk petani Nelotothic karena perilaku browsing akan membantu pembukaan hutan, setelah domba akan muncul sebagai hewan ekonomis superior (Thairu-Muigai, 2002). Hewan ini kokoh mungkin yang pertama "Berjalan lards" dan, misalnya, mereka bisa memicu domestikasi berikutnya dari repertoar penuh Eurasia ternak spesies yang telah menyediakan sebagian besar protein hewani yang banyak dikonsumsi oleh terus memperluas populasi manusia (MacHugh & Bradley, 2001). Domestikasi terjadi secara bertahap selama periode awal sekitar 11 000 tahun SM sekarang) dan mungkin pertama menyebar ke Asia tengah dan selatan timur. Dengan 5500 (Sebelum SM kambing sudah migrasi ke sub-Sahara Afrika dan jenis kurcaci tercatat dari periode itu dekat Khartoum di Sudan. Awalnya, rute migrasi populasi manusia mungkin telah mempromosikan perluasan kambing domestik dan pendirian mereka di beberapa daerah. Banyak keturunan disesuaikan dengan iklim, penyakit dan kondisi gizi dan, akibatnya, mengembangkan kapasitas untuk bertahan hidup dan bereproduksi dalam kondisi sulit. Dalam 10 Selain itu mereka mengembangkan bakat yang besar untuk meningkatkan produksi tanpa kehilangan lokal adaptasi melalui program seleksi (Payne & Wilson, 1999). Di Afrika selatan Sungai Zambezi, kambing diperkenalkan sesaat sebelum dan sesudah kedatangan pemukim Eropa. Populasi kambing, oleh karena itu, berasal dari berbagai keturunan yang dibawa dari suku Bantu di utara. Di sisi lain, penduduk telah dipengaruhi oleh jenis kambing Boer, yang dikembangkan dari 18 abad seterusnya (Gall, 1996). 1.5. Sumber daya genetik kambing di Afrika Tropis dan Mozambik Populasi kambing di dunia terdiri dari sekitar 674 juta, dimana 94% ditemukan di negara berkembang (publikasi FAO, 1996). Afrika dan Asia account untuk sekitar 81% dari total penduduk. Tingkat pertumbuhan tahunan sebesar 3,3% dianggap tertinggi dibandingkan dengan ruminansia lain. Di Afrika, hewan-hewan ini terkonsentrasi di Nigeria, Ethiopia, Sudan dan Somalia. Dari total 351 keturunan dunia kambing, ada sekitar 146 di Asia, dan 59 di Afrika (Devendra, 1998). Pada sebagian besar kambing negara-negara berkembang memainkan peran penting dalam kelangsungan pedesaan keluarga dan memberikan kontribusi signifikan untuk memasok kebutuhan mereka dalam protein hewani. Ini adalah karena kapasitas kambing untuk mengubah merumput kualitas rendah menjadi produk yang berguna bagi manusia, seperti daging, susu, pupuk jaket, dll Sebuah keuntungan besar adalah produksi rendah mereka biaya, siklus reproduksi pendek dan ukurannya yang kecil, yang memfasilitasi pembantaian dan konsumsi daging oleh keluarga tanpa resiko kerusakan, dengan memperhatikan ketiadaan fasilitas pendinginan di daerah pedesaan (Gall, 1981; MacHugh & Bradley, 2001). Afrika Tropis berisi satu sepertiga dari semua kambing di dunia. Rata-rata ada satu kambing pada setiap ha 10 dari Afrika tropis dan ada 1,1 kepala kambing per orang bekerja di 11 sektor pertanian. Kambing dan domba yang setara dalam hal berat menjadi sekitar 17% dari ruminansia total biomassa negeri tropis Afrika (Payne & Wilson, 1999). Produksi total daging dari kambing domba gabungan Afrika dan diperkirakan 1,15 juta ton yang setara dengan sekitar 16% dari total output dunia dari spesies. Susu dari ternak kecil adalah sekitar 14% dari produksi dunia. Kambing di daerah tropis Afrika jauh lebih penting dari pada domba sebagai produsen susu dan mereka diperkirakan menghasilkan sekitar tiga kali lipat susu sebagai domba. Ruminansia kecil kulit dari Afrika, diperkirakan sebesar 258 000 ton, mewakili sekitar 16% dari produksi dunia, proporsi dari kambing sebesar 25% menjadi jauh lebih besar daripada dari domba (publikasi FAO, 1985). Peternakan dan pertanian di Mozambik adalah sumber utama pendapatan dan pekerjaan selama lebih dari 85% penduduk yang tinggal di daerah pedesaan (Maciel et al, 2004.). Ternak itu sendiri memberikan kontribusi 5% terhadap perekonomian nasional. Namun konsumsi pada tahun 1997 sekitar 12,5 kg daging, 2,4 l susu dan satu telur per kapita. Ketika dibandingkan dengan konsumsi di Afrika, nilai-nilai rendah (13 kg daging, 30 l susu per kapita) (Conselho de Ministros Report, 1997). Kambing biasanya digunakan untuk daging produksi dan memberikan pendapatan ekstra untuk petani kecil di daerah-daerah pedesaan. Dalam Selain itu, kambing yang disembelih pada acara-acara meriah dan digunakan untuk upacara adat dan "lobolo", dan kadang-kadang untuk susu (Morgado, 2000). 1.5.1. Kambing asli sumber daya genetik Afrika kambing adat telah diklasifikasikan menjadi dua kelompok utama, panjang-eared dan pendek bertelinga (Gall, 1996). Ini bukan sebuah sistem yang sangat berguna dan, lebih tepat, lain menggambarkan kambing sebagai besar, tipe kecil atau kerdil (Table1). Besar jenis, yang mungkin juga memiliki kaki yang tidak proporsional panjang, ditemukan di sepanjang pinggir selatan Sahara dan di selatan Afrika. Jenis kecil terutama didistribusikan di Afrika timur dan dwarf jenis, yang juga beberapa tingkat toleransi trypanosomiasis, ditemukan terutama di lembab barat Afrika. jenis Dwarf biasanya lebih produktif daripada jenis kecil dan besar (Publikasi FAO, 1985). 1.5.2. Kambing asli sumber daya genetik Mozambik Peternakan dan pertanian di Mozambik adalah sumber utama pendapatan dan pekerjaan selama lebih dari 85% penduduk yang tinggal di daerah pedesaan. Kambing biasanya digunakan untuk produksi daging dan memberikan pendapatan ekstra untuk petani kecil, yang menyimpan lebih dari 95% dari kawanan nasional. Selain itu, kambing yang disembelih untuk acara-acara pesta dan digunakan untuk upacara tradisional dan "lobolo" (Morgado, 2000). The Pafuri mungkin satu-satunya berkembang biak diperah untuk konsumsi rumah, terutama bila sumber makanan yang langka (Maciel et al, 2004).. Klasifikasi jenis kambing secara tradisional didasarkan pada karakteristik morfologi fitur seperti tanduk, warna, rambut, telinga, ukuran berat badan, dan. Dua utama jenis ditemukan di Mozambik. Berkembang biak 'Landim' adalah jenis kambing utama di seluruh negeri dengan sedikit variasi dalam ukuran dan adaptasi. Hal ini terutama ditemukan di semi-kering untuk monomodal sub-lembab daerah curah hujan di daerah selatan negara ini dan juga disebut Portugis Landrace (Gall, 1996). The Landim dari Provinsi Tete muncul lebih kecil daripada di selatan 13 Mozambik namun memiliki tingkat kesuburan tinggi daripada di bagian selatan (Maciel et al, 2004.). Menurut para penulis ini akan menarik untuk mengkarakterisasi dan untuk mempelajari kinerja ini berkembang biak di provinsi itu. Berkembang biak 'Pafuri' merupakan hasil dari persilangan kambing Boer jantan dengan betina Landim. The Boergoats diperkenalkan dari Transvaal utara pada tahun 1928 menjadi daerah kecil di selatan-barat Mozambik dikenal sebagai Pafuri. Berkembang biak disimpan di bawah agro-pastoral untuk sistem manajemen pastoral umumnya di semi-kering ke lingkungan kering (Gall, 1996). Ini sangat khas dari sistem transhumance di Provinsi Gaza di mana ia diperah selama musim kemarau tahun ini. Namun demikian, kejadian adalah menyebar ke selatan lain provinsi, seperti Maputo dan Gaza (Maciel et al, 2004.). 1.6. Identifikasi genetik benih dan pengukuran genetik variabilitas Sangat terbatas informasi mengenai pengukuran variabilitas genetik dan perbedaan genetik kambing Mozambik keturunan ada. Tidak jelas, apakah ada keturunan yang berbeda atau apakah hanya ecotypes berbeda atau populasi dapat diidentifikasi sesuai dengan bidang mana mereka terjadi. Informasi tersebut akan memberikan kontribusi pada pelestarian keturunan lokal sebagai investasi menjamin potensi untuk digunakan dalam program pemuliaan mendatang. 'Berkembang biak' Istilah ini tidak didefinisikan dengan baik dan menciptakan masalah dalam konteks Afrika. The definisi hewan-berorientasi mengakui bahwa keturunan berbeda dengan totalitas rata-rata perbedaan yang diamati pada sifat kuantitatif dan kualitatif banyak. Perbedaan mungkin tumpang tindih tetapi mereka memiliki dasar genetik dan perbedaan-perbedaan ini secara bersama-sama memberikan deskripsi yang unik. Definisi ini memberikan dasar yang kokoh untuk aplikasi penduduk teknik genetik dan kontras dengan peruntukan sewenang-wenang dan sering sehari-hari dari jenis tertentu untuk satu berkembang biak atau lain berdasarkan kriteria antroposentris (Meghen et . Al, www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Penggunaan sebuah penelitian genetik untuk menentukan genetik make-up dari keturunan atau populasi di Mozambik akan memberikan kontribusi informasi dan pemahaman yang lebih baik kambing sumber daya genetik. Karakterisasi genetik keturunan ini akan menjadi alat yang ampuh untuk konservasi berkembang biak dan perbaikan. Beberapa teknik telah dikembangkan untuk memperkirakan variasi genetik atau polimorfisme dalam populasi dan, karenanya, hubungan genetik di antara populasi. Beberapa teknik utama dengan aplikasi praktis akan dibahas. 15 1.6.1. Teknik polymorphic genetik Protein dan polimorfisme isozim Teknik ini banyak digunakan selama tahun 1980 - 1990 dalam genetika populasi. Penelitian telah dilakukan polimorfisme biokimia darah di seluruh dunia menggunakan dalam Untuk mempelajari hubungan genetik antara populasi (Kidd, 1974; Tuñón, Gonzalez & Vallejo, 1989; Casati et al, 1999; Kotzé et al, 2000)... Polimorfisme protein telah terbukti menjadi metode yang murah dan cepat menganalisis variasi tunggal lokus di trah (Thairu-Muigai, 2002). studi polimorfisme Protein, bagaimanapun, kini nilai terbatas dalam penilaian variasi genetik saat mereka mendeteksi tingkat yang relatif rendah polimorfisme, menghasilkan daya yang lebih rendah untuk menyelesaikan studi karakterisasi genetik (Meghen et al., www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/ t1300b0j.htm-32k). Pembatasan Polimorfisme Panjang Fragmen (RFLPs) Teknik ini bergantung pada variabel amplifikasi daerah genom target, dengan amplikon kemudian menjadi dicerna dengan satu atau lebih enzim restriksi-urutan tertentu. fragmen DNA dengan panjang yang berbeda kemudian mengalami elektroforesis dan fragmen bermigrasi sesuai dengan bobot mereka, fragmen yang lebih kecil lebih cepat dan besar fragmen lebih lambat. Dengan demikian, RFLP umumnya mengacu pada perbedaan banding pola yang diperoleh dari fragmen DNA, setelah pembelahan urutan-spesifik dengan pembatasan enzim (Van Marle-Koster, 2003). Teknik ini dapat diterapkan pada DNA nuklir atau mitokondria DNA (DNA kloroplas juga dalam kasus tanaman). Ini memiliki aplikasi dalam penelitian jarak genetik, variasi genetik, arus gen, ukuran populasi efektif, pola biogeografi sejarah dan analisis tetua dan keterkaitan. Sejak peristiwa mutasi umumnya produk substitusi dasar, namun tingkat mutasi mungkin sangat rendah (10-7 ke 10-8 per generasi), dan ini menghasilkan masalah serupa dengan protein, yang, kurangnya menyelesaikan daya ketika berhadapan dengan sangat erat kaitannya kelompok. Ini telah ditunjukkan oleh Theilmann dkk., (1989), yang 16 melakukan studi tentang sembilan RFLPs dalam enam keturunan sapi dimana hanya Brahman (Bos indicus) sapi berbeda secara signifikan dari keturunan Bos taurus (Meghen et al., www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Random Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) RAPDs dikenal sebagai sewenang-wenang prima Polymerase Chain Reaction (PCR) (AP-PCR), atau sebagai teknik amplifikasi DNA Fingerprinting (DAF). Teknik ini didasarkan pada penggunaan pendek, primer sewenang-wenang dalam reaksi PCR dan dapat digunakan untuk menghasilkan yang relatif rinci dan kompleks DNA profil untuk mendeteksi fragmen diamplifikasi antara organisme. Dalam format sederhana, hanya satu oligonukleotida pendek yang terdiri dari delapan sampai sepuluh nukleotida panjang digunakan. Namun, beberapa primer biasanya diterapkan dan kisaran lima hingga 21 nukleotida telah terbukti berhasil jika deteksi digabungkan dengan poliakrilamida gel elektroforesis. Santai PCR kondisi memungkinkan untuk beberapa priming tidak spesifik situs di untai DNA yang berlawanan, bahkan jika pertandingan tidak sempurna. A berhasil diamplifikasi urutan template akan, bagaimanapun, hanya rentang dari situs priming urutan ke urutan komplementer dekatnya. Tergantung pada template primer kombinasi dan rasio, produk diamplifikasi berkisar dari kurang dari sepuluh ke lebih dari 100. Dalam hal ini cara, spektrum produk karakteristik untuk setiap template dan kombinasi primer biasanya diperoleh dan ini dapat cukup diselesaikan dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel polycrylamide dan perak pewarnaan. Elektroforesis gel agarosa dan etidium bromida pewarnaan juga dapat digunakan untuk mendeteksi hanya fragmen utama (Van Marle-Koster, 2002). RAPDs memiliki keuntungan yang mereka dapat diperoleh dengan biaya yang wajar dan akan umumnya memperkuat berbagai fragmen DNA yang paling dan menunjukkan polimorfisme. Tertentu primer akan menghasilkan pola yang tidak terkait antara binatang yang tidak terkait dan yang identik untuk sangat erat kaitannya binatang. Agaknya situs primer secara acak terdistribusi sepanjang genom target dan sisi kedua wilayah dilestarikan dan sangat bervariasi. Wide variasi dalam intensitas band dapat ditampilkan untuk menjadi direproduksi antara percobaan, yang dapat menjadi Hasil beberapa salinan daerah diperkuat dalam template atau efisiensi dengan 17 daerah tertentu yang diperkuat. The band polimorfik diperoleh dari RAPDs juga dapat digandakan untuk analisa lebih lanjut. Kelemahan utama adalah bahwa RAPDs sangat sensitif terhadap kondisi PCR dan ini dapat menyebabkan reproduktifitas miskin (Van Marle-Koster, 2003). Konsistensi hasil adalah tidak dijamin sebagai perbedaan kecil dalam kondisi eksperimental dapat menghasilkan menentu hasil. Bahkan dalam kondisi yang dikontrol dengan hati-hati, bisa ada ambiguitas dalam penilaian band dipisahkan pada gel. Penuh pengertian memperhatikan cara yang genetik variasi yang diamati dihasilkan dan rekonstruksi sejarah evolusi adalah sulit. RAPDs adalah penanda dominan dan heterosigositas dapat dinilai sebagai homozigositas yang mempengaruhi keakuratan isi informasi (Meghen et al., www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Dalam dibandingkan dengan teknik lain profil genetik yang dijelaskan dalam penelitian ini, keandalan RAPDs dianggap sebagai moderat (Van Marle-Koster, 2003). DNA mitokondria Pada sel hewan, DNA juga ditemukan di luar inti di mitokondria. Hewan DNA mitokondria dapat dengan mudah diisolasi. Ini berkembang lima sampai sepuluh kali lebih cepat dari DNA nuklir dan, daerah tertentu, D-loop, berkembang lebih cepat dan maternal mewarisi. Dengan demikian, mitokondria filogeni menawarkan gambaran yang relatif jelas tentang evolusi sejarah elemen genetik tunggal. Ini warisan ketat ibu DNA mitokondria dapat menyebabkan kesalahan interpretasi data dan, akibatnya, salah baca dari resultan filogeni (Meghen et al., www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Beberapa penelitian DNA mitokondria telah dilakukan pada kambing, misalnya studi dengan Sultana dan Tsuji (2003) pada kambing Pakistan. Polimorfisme Panjang Fragmen Amplified (AFLP) Amplified Fragment Length Polymorphism adalah fingerprinting DNA teknik yang didasarkan pada deteksi fragmen DNA, dikenakan enzim restriksi, diikuti oleh PCR amplifikasi selektif. DNA dipotong dengan dua enzim restriksi dan double 18 adapter terdampar kemudian diligasi ke ujung fragmen DNA untuk menghasilkan PCR template. Adaptor khusus, diligasikan pada fragmen DNA, menentukan distribusi seluruh situs restriksi DNA genom yang dimaksud dengan DNA amplifikasi. Prosedur AFLP dapat dimanipulasi sesuai dengan aplikasi spesifik melalui pemilihan enzim restriksi dan desain primer PCR. Biasanya, enzim restriksi jarang-cutter dikombinasikan untuk memastikan generasi fragmen kecil (Sering-cutter) tetapi untuk membatasi jumlah fragmen (jarang-cutter) pada waktu yang sama. PCR primer dapat dirancang untuk tidak memiliki basis selektif pada 3 berakhir jika ditargetkan template adalah elemen sederhana seperti plasmid atau kromosom bakteri buatan. Seperti di lain teknik untuk sidik jari, fragmen dipisahkan dan dianalisis menggunakan gel elektroforesis. Teknik AFLP dapat dilakukan dengan biaya yang wajar, pengembangan biaya rendah tetapi biaya operasional lebih tinggi daripada analisis RAPD, namun memiliki keuntungan dari reproduksibilitas lebih tinggi dari RAPDs (Van Marle-Koster, 2003). Teknik ini telah juga menemukan aplikasi dalam terbatas studi keragaman genetik kambing (Ajmone-Marsan et al, 2001;. Crepaldi et al, 2001).. Mikrosatelit Wikipedia Tandem Repeats (STR), atau mikrosatelit, adalah kelas yang relatif baru genetik penanda. Mikrosatelit terdiri dari pengulangan tandem motif nukleotida sangat pendek dari 1-6 pasangan basa panjang, ulangi dinukleotida CA yang paling umum di genom mamalia. Sebuah lokus mikrosatelit khas dapat terdiri dari hamparan DNA dengan dasar CA urutan diulang 12 kali, yaitu (CA) 12. Ketika urutan unik mengapit kedua ujung urutan berulang diketahui, mikrosatelit bisa secara istimewa diperkuat dengan menggunakan PCR. panjang kelas yang berbeda (alel) bervariasi dalam jumlah mengulangi dan dapat dipisahkan menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE). Kelas ini penanda sangat polimorfisme dengan menampilkan berbagai alel untuk lokus tertentu (Meghen et . Al, www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Hal ini tidak biasa untuk menemukan hingga sepuluh alel per lokus dan nilai-nilai heterosigositas sebesar 60% dalam relatif kecil jumlah sampel (Goldstein & Polack, 1997). 19 Mikrosatelit cenderung bermutasi dengan tingkat mutasi sampai 10-2 per generasi (Van Marle- Koster, 2003). Ini berarti bahwa, meskipun kelas panjang baru dihasilkan pada tingkat yang cepat cukup untuk memungkinkan perbedaan keturunan, angka ini tidak begitu cepat bahwa hubungan dikaburkan oleh homoplasy (identitas alel sebagai akibat peristiwa mutasi terpisah menentang keturunan umum) (Meghen et al, www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/. FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Sejumlah besar penanda mikrosatelit telah terdaftar untuk berbagai spesies yang mencakup sapi, kuda, babi, domba, kambing, ayam, bebek, kerbau, keledai dan camelids (FAO publikasi pedoman Sekunder, 2004). Tanda tersebut tersebar baik melalui genom dan diterapkan dalam studi di variabilitas genetik, keturunan verifikasi dan pemetaan genom proyek ((Zamorano et al, 1998;. Saitbekova et al,. 1999, Gustavo et al, 2000;. Martinez et al, 2000;. Ritz et al, 2000;. Mburu et al, 2003;. Li et al, 2002;. Van Marle-Koster, 2003). Ada public-domain database akumulasi urutan data, seperti GenBank dan EMBL (ISAG / FAO, 2004; Meghen et . Al, www.fao.org/ag/AGa/AGAP/FRG/FEEDback/War/t1300b/t1300b0j.htm - 32k). Beberapa studi menggunakan mikrosatelit khusus untuk kambing telah dilakukan pada Spanyol, Asia, Perancis, Italia, Cina, Pakistan, Namibia, Afrika India, Selatan dan sub-Sahara kambing menentukan hubungan genetik antara dan antar populasi, variasi genetik estimasi dan keragaman genetik antara populasi (Tuñón, et al., 1989;. Luikart et al, 1999; Yang et al, 1999; Ajmone-Marsan et al, 2001;.. Watts, Saitbekova et al, 1999; Barker, et al, 2001;.. Chenyambuga, 2002; Kim et al, 2002;. Li et al, 2002;. Sultana & Tsuji 2003; Kotzé et al, 2004, Els et al, 2004;. Martinez et al, 2004..; Visser et al, 2004 & Tilagan et al.., 2006). Perserikatan Bangsa-Bangsa Organisasi Pangan dan Pertanian di Animal Farm Genetik Sumber Daya menerbitkan dokumen yang dievaluasi status genetika molekular penelitian pada hewan domestik yang berbeda (FAO Publikasi, 2004). Dokumen ini menyimpulkan bahwa lokus penanda mikrosatelit adalah pilihan untuk studi genetika molekuler seluruh dunia. Data mikrosatelit yang diterapkan di 66% dari semua studi jarak genetik. 20 penanda biokimia adalah teknik yang paling sering digunakan kedua dengan representasi dari 34% dalam studi. Untuk pemanfaatan yang efektif dari masyarakat adat sumber daya genetik kambing Mozambik, itu diperlukan untuk mengkarakterisasi populasi genetik berbeda. Seperti karakterisasi akan menyediakan database dengan informasi mengenai variasi genetik antara dan di antara populasi kambing di negeri ini. Hal ini juga akan memberikan informasi sebagai mana dari populasi merupakan bibit homogen dan yang secara genetik berbeda. Lebih lanjut informasi akan memberikan kontribusi untuk penentuan status risiko populasi dan keturunan. Pada akhirnya, informasi yang akan berkontribusi pada pemahaman tentang evolusi sejarah kambing di Mozambik serta konservasi masa depan dan pengelolaan sumber daya genetik kambing. 1.6.2. Analisis Statistik Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) Dalam populasi acak-kawin besar, tidak ada mutasi, seleksi atau migrasi, frekuensi dan frekuensi genotipe konstan dari generasi ke generasi dan, Selanjutnya, ada hubungan sederhana antara frekuensi gen dan genotipe frekuensi. Sebuah populasi dengan gen konstan dan frekuensi genotipe dikatakan dalam Kesetimbangan Hardy-Weinberg (HWE) (Falconer, 1989). Faktor-faktor yang mempengaruhi HWE (Falconer, 1989): • Mutasi: Ini adalah proses yang menghasilkan gen atau kromosom yang berbeda dari tipe liar. Dengan memproduksi varian baru gen, mutasi membawa variasi genetik dalam suatu populasi. • Migrasi: Ini adalah gerakan permanen gen dari satu tempat ke tempat lain. Migrasi gen menjadi hasil peningkatan penduduk di dalam variasi genetik populasi dan migrasi gen dari suatu populasi dapat mengakibatkan penurunan variasi genetik. • kawin Non-acak: Hal ini dimungkinkan terjadi dimana individu terkait memiliki besar probabilitas kawin dengan satu sama lain dibandingkan dengan anggota lain dari 21 penduduk dan di mana individu-individu yang secara geografis dekat adalah lebih mungkin untuk kawin dengan masing-masing daripada mereka tidak seperti geografis dekat. • Random genetik drift: hanyut Pengaruh genetik jauh sebanding dengan ukuran populasi. Bila ukuran populasi kecil, misalnya kuat bottleneck efek di masa lalu, ada perubahan besar dalam frekuensi gen di bawah genetik drift di setiap generasi. Semakin kecil populasi semakin besar kemungkinan sampling kesalahan yang terjadi. • Seleksi: Hanya populasi yang lebih baik beradaptasi dengan lingkungan atau bisa mate berhasil dapat meneruskan hidup ke generasi berikutnya. Pemilihan umum menghasilkan pengurangan variasi genetik dalam suatu populasi. Dalam studi ini, seperti dalam banyak studi tentang populasi yang telah genotyped, itu penting untuk menentukan apakah lokus dan populasi genotyped berada di HWE dan apakah ada penyimpangan yang signifikan dari HWE. Dalam hal ini, penyimpangan dari lokus / kombinasi populasi dari HWE ditentukan menggunakan GENEPOP 3.3 (Raymond & Rousset, 1995), POPGENE (Yeh, 1999) dan GENETIX 4.0.2 program. Linkage disequilibrium Seorang penduduk dikatakan dalam ketidakseimbangan hubungan pada satu set lokus jika alel adalah tidak secara acak berbagai macam pada generasi berikutnya tetapi diwarisi bersama-sama sebagai satu unit. Linkage disequilibrium dapat dihasilkan oleh pergeseran genetik, mutasi, dan campuran seleksi. Linkage Analisis disekuilibrium antara pasang lokus pada populasi masing-masing dilakukan dengan menggunakan POPGEN (Yeh, 1999) dan GENETIX 4.0.2 program komputer. Keragaman genetik Jumlah rata-rata alel (MNA) terdeteksi di setiap populasi yang diharapkan heterozygosities merupakan indikator yang baik polimorfisme genetik dalam populasi. The MNA adalah jumlah rata-rata alel yang diamati dalam suatu populasi, sedangkan yang diharapkan heterozygosities adalah proporsi heterozygosities diamati dalam suatu populasi. 22 MNA tergantung pada ukuran sampel karena kehadiran alel unik dalam penduduk yang terjadi pada frekuensi rendah. Jumlah alel diamati cenderung meningkat dengan peningkatan ukuran populasi. Ukuran sampel dari populasi harus lebih atau kurang sama dinyatakan perbandingan mungkin tidak berarti - ukuran sampel acak 20. Keragaman genetik juga dapat diukur dengan menghitung rata-rata heterosigositas, yang merupakan heterosigositas diharapkan dalam suatu populasi yang diasumsikan berada di HWE. Diharapkan dan diamati heterozygosities dihitung menggunakan POPOGENE (Yeh, 1999) dan GENETIX 4.0.2 program komputer. Genetik hubungan antara keturunan Jarak genetik Hubungan genetik antara populasi dapat diukur dengan menentukan genetik jarak antara populasi. Perbedaan ini diukur antara dua populasi memberikan perkiraan yang baik tentang bagaimana mereka secara genetik berbeda. Bila jarak genetik besar, kemiripan genetik yang tinggi dan waktu mereka menyimpang dari satu sama lain lebih kecil (Thairu-Muigai, 2002). Salah satu pengukuran umum jarak genetik di hari digunakan adalah standar Nei `s jarak genetik (DS) (Nei, 1972) yang nilainya sebanding dengan waktu evolusi ketika efek dari mutasi dan pergeseran genetik dipertimbangkan. Namun, Nei (1983) mencatat bahwa Cavalli-Sforza dimodifikasi dan mengukur jarak Edwards ' (DA) lebih efisien dalam menentukan topologi yang benar pohon evolusi sedang dibangun menggunakan data frekuensi alel, terutama jika populasi erat terkait. DA juga telah dilaporkan dapat meningkatkan lebih lambat dengan waktu dan mempertahankan hubungan linear untuk waktu yang cukup lama (Nei, 1983; Thairu-Muigai, 2002). Konstruksi filogeni Analisis filogenetik populasi telah menjadi alat penting untuk mempelajari hubungan evolusi populasi. Ia menawarkan bantuan grafis sederhana untuk memvisualisasikan hubungan antara populasi, sehingga membuat gangguan pada lebih mudah (Thairu-Muigai, 2002) evolusi sejarah. Hubungan filogenetik dari populasi yang berada di bawah penyelidikan dalam Penelitian dibangun dengan menggunakan metode tetangga-bergabung dalam DISPAN untuk membangun pohon filogenetik dari DA dan pengukuran jarak DS (TreeView) Bootstrap uji dengan 1000 ulangan (Ota, 1993). Diferensiasi genetik Pemahaman tentang penataan atau diferensiasi genetik dalam populasi adalah bunga untuk genetika karena mencerminkan jumlah alel dipertukarkan antara populasi yang mempengaruhi komposisi genetik dari individu dalam ini populasi. aliran Gene antara populasi menentukan pengaruh seleksi dan pergeseran genetik menghasilkan polimorfisme baru dan meningkatkan lokal yang efektif ukuran populasi. FST dan Koefisien untuk diferensiasi genetik (Gst) sangat umum digunakan untuk menggambarkan diferensiasi penduduk (Thairu-Muigai, 2002). FST Indeks fiksasi (FST) digunakan untuk menghitung silang dalam sampel. FST didefinisikan sebagai hubungan antara dua alel yang dipilih secara acak di dalam sub- relatif terhadap alel sampel secara acak dari total populasi penduduk. Oleh karena itu FST langkah-langkah silang karena hubungan antara alel karena mereka ditemukan di sama sub-populasi (Thairu-Muigai, 2002). FST dapat didefinisikan sebagai: FST = (Ht - Hs) / Hs mana Ht adalah heterosigositas diharapkan dan Hs adalah yang diamati heterosigositas dalam populasi. FST dihitung menggunakan POPGENE (Raymond dan Rousset, 1995) dan GENETIX 4.0.2 program komputer. 24 Penugasan individu untuk populasi Dalam genetika populasi, individu dalam sampel harus dapat diklasifikasikan ke dalam spesifik populasi atau ras menggunakan seperangkat kriteria fenotipik. Penugasan populasi Metode menugaskan individu menggunakan metode cluster. Individu yang serupa ditugaskan untuk cluster yang sama. 1.7. Tujuan dan Sasaran Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi genetik populasi yang berbeda kambing Mozambik menggunakan penanda mikrosatelit untuk berkontribusi pada daerah (SADC) dan FAO global database. Tujuan mencakup penentuan: 1. genetik hubungan antara populasi kambing Mozambik 2. keragaman genetik di dalam dan di antara populasi kambing Mozambik BAB 2 BAHAN DAN METODE 2.1. Penduduk Sampling Penelitian dilakukan di empat provinsi di Mozambik, yaitu Maputo dan Gaza di wilayah selatan, Tete di wilayah pusat dan Cabo Delgado di wilayah utara negara. Gambar 3.1 menggambarkan peta Mozambik dengan daerah-daerah dimana sampel dikumpulkan. Empat puluh binatang yang tidak terkait adalah sampel dari setiap populasi (10 pria dan 30 wanita) di provinsi yang berbeda seperti yang direkomendasikan oleh ISAG / FAO, 2004. Untuk memastikan bahwa individu-individu sampel tidak berhubungan erat, kawanan yang berbeda diidentifikasi dalam kabupaten dalam masing-masing provinsi (Tabel 2.1). 27 Rambut dengan akar terlihat, setidaknya 30 +, yang dipetik dari ekor hewan masing-masing dan ditempatkan dalam kantong plastik. Kantong plastik itu disegel dan diberi label yang jelas dengan rincian hewan jumlah, lokasi, dan seks dan disimpan pada suhu kamar. Table 2.1. Goat populations sampled Province District/ Locality Farm Number of samples Gaza Pafuri sede A 1 Gaza Pafuri/ Chicumba B 5 Gaza Pafuri/ Chicumba C 6 Gaza Pafuri/ Chicumba D 1 Gaza Pafuri/ Chicumba E 4 Gaza Pafuri/ Mbuzi F 5 Gaza Pafuri/ Mbuzi G 6 Gaza Pafuri/ unknown H 5 Gaza Pafuri/ Mungaban I 3 Gaza Pafuri/Salane J 4 Tete Changara Cachembe 4 Tete Marara/ PFP PFP 11 Tete Marara/ Centro K 5 Tete Marara/ Centro L 4 Tete Marara/ P8 M 6 Tete Marara/ P8 N 2 Tete Matambo O 8 Maputo Magude Chemane 6 Maputo Magude P 6 Maputo Chobela Zootecnic estation 12 Maputo Chobela R 5 Maputo Impauto Reproduction center 11 Cabo Delgado Miesi AA 6 Cabo Delgado Miesi AB 5 Cabo Delgado Pemba Metuge Nancaramo 5 Cabo Delgado Pemba Metuge Nalia 4 Cabo Delgado Pemba Metuge Naminete 2 Cabo Delgado Pemba Metuge Nanduli 1 Cabo Delgado Pemba Metuge/sede AC 6 Cabo Delgado Mecufi AD 2 Cabo Delgado Mecufi/ Murrebue AE 5 Cabo Delgado Mecufi/ Murrebue AF 4 2.2. Ekstraksi DNA Sekitar 8 + akar rambut dari setiap binatang dipotong dan ditempatkan dalam tabung Eppendorf. DNA diekstraksi dari akar rambut dengan menggunakan metode Proteinase pencernaan diubah K (Higuchi et al, 1988.). Sampel DNA yang diekstraksi disimpan pada-20oC sampai digunakan lebih lanjut. 2.3. Mikrosatelit spidol, kondisi PCR dan genotip Sebanyak 17 mikrosatelit dipilih berdasarkan tingkat polimorfisme dan genom cakupan. Para mikrosatelit yang dipilih akan ditunjukkan pada Tabel 2.2. Ini penanda mikrosatelit mematuhi standar Masyarakat Internasional untuk Hewan Genetika dan FAO. Para microsatellies adalah multiplexing menurut label pewarna dan rentang ukuran produk (Tabel 2.2). Reaksi PCR, PCR, persiapan PCR dan PCR Program tersebut dijelaskan dalam Lampiran 1. Tabel 2 mamet Persiapan mikrosatelit dijelaskan dalam Lampiran 2. Amplifikasi DNA dilakukan sebagai berikut: kurang 100ng DNA genom digunakan sebagai template untuk 7μL reaksi PCR dan ini diamplifikasi dalam Perkin Elmer 9700 Thermal Cycler. Setiap reaksi berisi 0,25 unit Super Therm Gold Taq,, 250μM dNTP untuk sebuah akhir konsentrasi 25mm buffer Tris-MgCl dan berbeda konsentrasi primer, yang forward primer yang dilabeli dengan pewarna fluorescent (Lampiran 2). amplikon PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel poliakrilamid pada ABI 377 otomatis sequencer. Sebuah gel poliakrilamida 5% dibuat dengan menambahkan 18g Urea, 50% 5ml Akrilamida, 10 ml 5x TBE buffer sampai 25 ml air suling. Solusinya disaring dan sonified selama lima menit dalam mandi selanjutnya disonikasi. 250μl dari Amonium Persulfat dan 36μl dari TEMED ditambahkan untuk polimerisasi gel. Gel dituangkan dan dipolimerisasi selama dua jam. Sampel yang telah disiapkan oleh menipiskan amplikon PCR dengan air suling dan menambahkan sampel diencerkan Formamid, buffer loading dan standar ukuran tetap (dalam kasus ini GeneScan ROX 350). Sampel didenaturasi pada 95 ° C selama tiga menit dan langsung ditempatkan di es. 1.5μl sampel masing-masing telah dimuat ke jalur masing-masing. The gel dijalankan pada 51 ° C selama dua jam. Otomatis analisis Data diambil menggunakan Genescan 3.1 perangkat lunak dan analisis data dilakukan menggunakan Genotyper 2.0 untuk menentukan ukuran fragmen dalam pasangan basa. Perangkat lunak dialokasikan alel ukuran yang benar untuk setiap mikrosatelit individu. Dari data ini, tabel alelik telah dibuat, kemudian disimpan secara elektronik dan ditransfer ke database. Data dikonversi ke dalam format file masukan yang berlaku untuk analisis statistik. 31 2.4. Analisis Data Frekuensi alel, nilai heterosigositas, perkiraan variasi genetik, pohon filogenetik dan Hardy-Weinberg equilibrium dihitung dengan menggunakan POPGENE version1.31 (Yeh, 1999) program komputer. The RST-CALC (Goodman, 1997) program digunakan untuk menentukan perbedaan genetik antara populasi. Arlequin Versi 3.0 (Scheider et al, 1995.) Digunakan untuk menghitung nilai FST dan Rst. AMOVA digunakan untuk menentukan varians molekul dan GENECLASS 2.0 (Cornuet et al., 1999) Program ini digunakan untuk tugas individu untuk populasi. Arlequin vers. 3.0 program komputer digunakan untuk menentukan langkah-langkah diferensiasi genetik. Simak Baca secara fonetik BAB 3 HASIL 3.1. Populasi sampel Itu mungkin untuk secara jelas mengidentifikasi dan membedakan antara empat populasi menggunakan karakteristik fenotipik. Ciri ini juga dijelaskan untuk Mozambik populasi kambing. Proses pengambilan sampel termasuk komunikasi verbal dengan berbagai petani untuk mengkonfirmasi kemurnian serta representasi dari sampel dalam penduduk di setiap provinsi. 3.2. Ekstraksi DNA Itu mungkin untuk mengekstrak DNA kualitas dari semua sampel menggunakan ekstraksi dimodifikasi teknik dan hanya delapan akar rambut. 3.3. Mikrosatelit spidol, kondisi PCR dan genotip Penanda mikrosatelit yang dipilih menunjukkan polimorfisme yang cukup dan dengan baik mencakup wakil dari genom. Para multiplexing dari penanda memberikan kontribusi terhadap lebih hemat biaya cara yang efektif untuk menangani sejumlah besar sampel. PCR kondisi pada ARC Ternak Institut Genetika Hewan Laboratorium mana bagian praktis Penelitian ini dilakukan dengan baik dioptimalkan karena hal ini membuat laboratorium pelayanan industri peternakan dan dilengkapi dengan baik. Laboratorium ini juga ISAG standar yang berarti bahwa semua peralatan, misalnya sequencer ABI, secara teratur dikalibrasi. 3.4. Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) Empat populasi kambing Mozambik sampel yang terdiri dari 160 individu genotyped menggunakan 17 penanda mikrosatelit. Menggunakan program komputer POPGENE, yang penanda berikut ditemukan berada di HWE (P ≤ 0,05) disekuilibrium untuk pesan tertentu penduduk (Tabel 3.1). Untuk populasi Maputo penanda adalah SRCRSP 24, 33 SRCRSP 5, MCM 527, ILSTS 002, RM 004 dan BM 1258 dimana nilai P berkisar 0,00-0,01. Tanda tidak di HWE dalam populasi Cabo Delgado adalah SRCRSP 24, SRCRSP 5, SRCRSP 23 dengan nilai P berkisar antara 0,00-0,02. Dalam Pafuri populasi OARFCB 20 dan ILSTS 002 dengan P nilai 0,00 dan 0,04 masing-masing tidak di HWE. Tiga penanda ditemukan tidak di HWE di Tete penduduk, yaitu. MCM 527, SRCRSP 23 dan INRA 006 dengan nilai P mulai dari 0,00-0,004. Tabel 3.1 3.5. Variabilitas genetik tindakan Frekuensi alel Frekuensi alel tersebut dihitung dengan menggunakan program komputer POPGENE statistik dan diringkas dalam Lampiran 3. Frekuensi alel berkisar 0,010-0,99 untuk setiap mikrosatelit tertentu. Tabel 3.2 menunjukkan jumlah alel seperti yang diamati di masing-masing penanda dalam populasi masing-masing. Tabel 3.2 Alel unik untuk populasi tertentu yang diamati. Untuk populasi Pafuri, total alel enam belas diamati hanya pada populasi ini dengan frekuensi berkisar antara 0,013 untuk 0.307 (SRCRSP8 1 alel; INRA23 1 alel; ILSTS87 6 alel; SRCRSP23 1 alel; ILSTS002 1 alel; BM1329 2 alel; BM1258 4 alel). Sembilan unik alel adalah diamati pada populasi Maputo (SRCRSP8, BM1329, CSRD247, RM004 3 alel, INRA006, BM1258; MAF65 dengan frekuensi alel berkisar 0,01-0,1. The Tete penduduk menunjukkan empat alel unik di masing-masing penanda berikut, yaitu SRCRSP8, CSRD247, OARFCB11, RM004 dengan frekuensi 0,01. The Cabo Delgado populasi menunjukkan jumlah terendah alel unik dengan hanya tiga diidentifikasi dalam populasi ini (SRCRSP8, MCM527, OARFCB20) dengan frekuensi alel berkisar antara 0,01-0,02. Tanda tersebut yang unik dapat digunakan untuk membedakan antara kambing empat Mozambik populasi beberapa terjadi pada frekuensi yang relatif tinggi. The MNA berkisar dari 5,59 pada populasi Tete untuk 6,94 pada populasi Pafuri dalam semua individu (Tabel 3.3). Tabel 3.3. Jumlah rata-rata alel (MNA), ukuran sampel dan diamati (Ho) dan diharapkan heterosigositas (Dia) nilai untuk empat populasi kambing Mozambik (Nei, 1978) tabel 3.3 Heterosigositas Nilai heterosigositas dihitung dengan menggunakan program komputer POPGENE untuk menentukan tingkat variasi genetik dalam semua populasi (Tabel 3.3). The heterosigositas diamati (Ho) nilai berkisar dari 53% untuk penduduk Maputo menjadi 59% bagi penduduk Pafuri. The heterosigositas rata-rata estimasi diamati untuk semua populasi adalah 56%. Para heterosigositas diharapkan terendah (Dia) diamati di 36 Cabo Delgado penduduk (58%) yang lebih rendah dari rata-rata 62%. The Pafuri populasi kambing dengan populasi kambing yang paling beragam di Mozambik dengan nilai 68%. Jarak genetik Frekuensi alel digunakan untuk menentukan jarak genetik antara yang berbeda populasi. Perkiraan jarak genetik dari Nei, 1972 digunakan dan berkisar antara 0,037-0,205. Jarak genetik terkecil diamati antara Maputo dan Tete populasi dengan jarak terbesar antara populasi Maputo dan Pafuri. Ada sedikit perbedaan dalam jarak genetik antara Pafuri di satu sisi dan Cabo Delgado dan populasi Maputo di sisi lain (Tabel 3.4). Tabel 3.4. Perkiraan jarak genetik dari populasi kambing Mozambik menurut Nei (1972) Tabel .3.4 domba lucu Ketikkan teks atau alamat situs web atau terjemahkan dokumen. Batal Simak Baca secara fonetik Terjemahan Inggris ke Bahasa Indonesia Analisis filogenetik Perkiraan jarak genetik digunakan untuk membangun pohon filogenetik menggunakan POPGENE program komputer. Pohon filogenetik mendukung jarak genetik perkiraan dimana populasi Pafuri adalah yang paling genetis jauh dari Cabo Delgado penduduk. Para Tete dan populasi Maputo membentuk sebuah cluster yang terpisah menunjukkan hubungan yang erat antara kedua populasi. Skema Diferensiasi genetik Aliran gen antara penduduk yang berbeda ditentukan sepasang-bijak menggunakan POPGENE program komputer. Nilai yang berbeda ditunjukkan di atas diagonal pada Tabel 3.5. Aliran gen tertinggi (8,36) diamati antara Tete dan Maputo populasi dan terendah antara Pafuri dan Cabo Delgado populasi (4,31). The langkah-langkah diferensiasi genetik ditentukan dengan vers Arlequin. 3.0 komputer program. Tabel 3.5. Gene flow (di atas diagonal) dan estimasi FST (di bawah diagonal) ditentukan -bijaksana antara empat populasi kambing Mozambik pasangan. Tabel 3.5 FST Nilai berkisar dari 0,047 (Tete dan Maputo) ke tertinggi genetik yang berbeda penduduk yang dengan nilai 0,081 (Pafuri dan Cabo Delgado) (Tabel 3.5). Hasil 38 menunjukkan bahwa Pafuri dan Cabo Delgado penduduk yang adalah yang paling berbeda di dalam semua Mozambik penduduk yang kambing. Analisis lainnya dilakukan dengan menggunakan program komputer RST calc untuk menentukan RST nilai antara populasi dengan cara pasangan-bijaksana. Nilai-nilai yang ditunjukkan dalam Tabel 3.6. Hasil yang serupa diperoleh untuk aliran FST dan gen estimasi menggunakan Arlequin dan POPGENE program komputer antara Pafuri dan Cabo Delgado penduduk yang. Namun, nilai tak terduga dan berbeda diamati untuk RST dan gen aliran mana Cabo Delgado dan penduduk yang Tete menunjukkan yang terendah genetik diferensiasi. Bila dibandingkan dengan aliran gen FST dan nilai-nilai menggunakan Arlequin dan Program komputer POPGENE, diferensiasi setidaknya ditemukan antara Tete dan penduduk yang Maputo. Tabel 3.6. Matriks nilai RST (di bawah diagonal) dan nilai-nilai aliran gen (di atas diagonal) untuk nilai p 0,001 tabel 3.6 Analisis varian molekul (AMOVA) Dalam rangka untuk memahami partisi yang dari tingkat keragaman genetik kambing Mozambik, analisis AMOVA dilakukan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 93,72% dari total genetik keragaman terjadi dalam penduduk yang sementara 6,28% terjadi di antara penduduk yang. Penugasan test (Geneclass 2.) Sebanyak 135 kambing (84,38%) adalah benar ditugaskan dalam setiap dari empat penduduk yang. Tingkat kepercayaan adalah 99% (Lampiran 3). Jumlah tertinggi miss- 39 hewan ditugaskan ditemukan dalam populasi Maputo dengan total sembilan kambing (22,5%) di mana lima dari mereka yang seharusnya menjadi milik penduduk Tete menurut uji tugas. Dalam populasi Pafuri total tujuh kambing (17,5%) adalah diklasifikasikan tidak terjawab. Mayoritas Pafuri miss-binatang yang ditugaskan (4) milik Populasi kambing Maputo menurut uji tugas. Dalam Cabo Delgado penduduk, enam kambing (15%) adalah terjawab ditugaskan dan jumlah tertinggi hewan miss-ditugaskan adalah empat ditugaskan sebagai penduduk Tete. Empat kambing (10%) dalam Tete penduduk yang miss-ditugaskan dengan 2 seharusnya menjadi milik penduduk kambing Maputo menurut uji tugas. BAB 4 DISKUSI Studi ini merupakan kontribusi pertama menuju karakterisasi genetik Mozambik populasi kambing. Sebanyak empat populasi kambing yang diidentifikasi dalam masing-masing dari empat provinsi Mozambik menurut deskripsi fenotipik. Ini populasi diidentifikasi sebagai bagian dari survei yang dilakukan untuk Negara Dunia Laporan FAO, laporan Komisi Sumberdaya Genetik (2004). Melalui ini laporan pentingnya menggunakan penanda molekuler untuk description genetik keturunan yang disorot. Dengan demikian sebuah studi karakterisasi genetik dimulai untuk berkontribusi pada karakterisasi genetik dari berbagai keturunan, ecotypes atau populasi yang berbeda untuk dilestarikan di Mozambik. Penelitian ini dilakukan di ARC-Hewan Laboratorium Genetika mana keahlian dan peralatan yang tersedia. Sebanyak 160 hewan genotyped. Hewan ini merupakan perwakilan dari empat populasi yang berbeda atau bibit sebagaimana tercantum dalam fenotipik survei. Dalam studi genetik total 17 mikrosatelit digunakan untuk menentukan HWE, frekuensi alel, berarti jumlah alel, heterozigositas, genetik jarak diferensiasi, genetik, analisis molekuler (AMOVA) dan tugas uji. HWE Penelitian ini memiliki sedikit lokus tidak dalam keseimbangan Hardy-Weinberg dibandingkan dengan penelitian lain (Thilagam, 2006; Kim et al, 2002; Li et al, 2002; Barker, 2001) yang hanya empat di dua puluh lokus dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Namun, seperti di Kannidu yang kambing dari Tamilnadu, India, (Thilagam, 2006), dalam penelitian ini genetik karakterisasi dengan penanda mikrosatelit, ILSTS002 ditemukan di HWE disequilibrium untuk Maputo dan populasi kambing Pafuri. Hal yang sama terjadi dengan OARFCB20 yang ditemukan tidak dalam HWE dalam populasi Pafuri. Dalam Li et al (2002), studi itu tidak di HWE di lima dari 13 populasi. 41 Keragaman genetik Variasi genetik didasarkan pada informasi DNA dan merupakan alat untuk konservasi sumber daya genetik. Ini memberikan informasi mengenai hubungan dan variasi di dalam dan antara populasi atau ras yang dapat digunakan untuk menentukan cara apa populasi harus dilestarikan sebagai sumber daya genetik. Frekuensi alel Semua penanda mikrosatelit yang diuji ditemukan polimorfik pada seluruh populasi. Untuk 17 spidol diuji dalam penelitian ini, jumlah alel yang diamati berkisar antara dua sampai 14 (Tabel 3.1). Dalam penelitian jarak genetik, Li et al., (2002) dan Yang et al., ((1999) menyarankan bahwa lokus mikrosatelit seharusnya tidak kurang dari empat alel per lokus untuk mengurangi standard error estimasi jarak tetapi, dalam Saitbekova et al, (1999) studi,. diamati jumlah alel berkisar antara 2 sampai 19. Jumlah alel yang diamati dalam penelitian dibandingkan dengan penelitian sebelumnya dengan penanda mikrosatelit yang sama (Saitbekova et al, 1999,. Yang et al., 1999, Luikart et al., 1999, Barker et al., 2001, Li et al., 2002, Martínez et al., 2004, Thilagam et al, 2006).. Kecenderungan rata-rata diamati sama dengan beberapa pengecualian. The INRA 006 penanda dalam penelitian ini menunjukkan 10 dan 11 alel dalam Pafuri dan populasi Maputo, sedangkan jumlah tertinggi ditemukan dalam studi sebelumnya adalah delapan (Martínez et al, 2004.). Para BM 1329 penanda menunjukkan sepuluh alel terhadap sembilan dalam penanda yang sama dilaporkan oleh Martínez dkk., (2004). Dari 17 penanda 14 (SRCRSP 8, MCM 527, INRA 23, ORFCB 20, CSRD 247, ILSTS 87, ILSTS 002, SRCRSP 23, OARFCB 11, RM 004, INRA 006, BM 1258, BM 1329, MAF 65), yang sesuai dengan 82,35%, diamati dengan setidaknya satu alel unik dalam individu populasi kambing (Lampiran 3). Para OARFCB 11 dan 20 ORFCB spidol ditemukan untuk hadir alel unik dalam keturunan individu dalam penentuan genetik hubungan antara lima trah kambing adat dengan enam penanda mikrosatelit (Yang et al, 1999).. Seperti dalam studi ini, 20 ORFCB penanda menunjukkan frekuensi besar alel unik. 527 MCM ditemukan menjadi hadiah alel unik dalam populasi tunggal 42 oleh Thairu-Muigai (2002). Ini berarti bahwa mereka yang hadir penanda unik alel dapat berguna untuk mengidentifikasi populasi tertentu atau keturunan. MNA dan heterosigositas Jumlah rata-rata alel dan heterozygosities diharapkan merupakan indikator yang baik genetik polimorfisme dalam melahirkan. Bila dibandingkan dengan ras kambing Kalahari Merah dari Selatan Afrika (Kotzé et al., 2004), kambing Mozambik menunjukkan jumlah rata-rata terendah alel berkisar dari 5,58 pada kambing Tete untuk 6,94 pada populasi Pafuri terhadap 7,77. Umumnya jumlah rata-rata alel sangat tergantung pada ukuran sampel karena yang unik alel dalam populasi, yang terjadi pada frekuensi rendah dan juga karena jumlah alel yang diamati cenderung meningkat tergantung pada ukuran populasi. Semua individu dalam populasi dianggap (Tabel 3.3). Yang diharapkan heterozygosities (Dia) nilai per populasi adalah serupa, mulai dari 0,58 di Cabo Delgado populasi 0,68 pada populasi Pafuri (Tabel 3.3). Serupa Dia nilai menggunakan penanda mikrosatelit dalam studi keragaman kambing dilaporkan (Saitbekova et al, 1999.; Barker et al, 2001; Kotzé et al, 2004;.. Visser et al, 2004) dan ini lebih rendah dibandingkan. yang dilaporkan oleh dkk Martínez, (2004). The heterosigositas diamati rata-rata kurang dari yang diharapkan untuk semua populasi dan ini dapat terjadi karena salah satu atau lebih dari berikut: pemisahan nonamplifying (null) alel, penilaian bias (heterozigot mencetak salah), seleksi terhadap heterozigot atau kawin sedarah. Hasil yang sama dilaporkan Barker et al., pada adat populasi kambing tenggara Asia (2001). Jarak genetik Jarak genetik dihitung dengan (Nei 1972) menunjukkan bahwa jarak genetik terkecil adalah antara Maputo dan kambing Tete dengan jarak genetik 0,085 (Tabel 3.4). The Provinsi Tete memiliki jumlah mayoritas populasi kambing di Mozambik. Di lain akhirnya ada pemasukan besar kambing Tete kepada Provinsi Maputo untuk mengisi kembali nomor hilang selama perang dan untuk dijual untuk daging. Hal ini mungkin dapat menjelaskan hasil kecil jarak genetik, karena pencampuran kedua populasi meskipun 43 sampel yang diambil di tempat tersebut adalah pemilik dinyatakan bahwa tidak ada pencampuran Tete dan Maputo pada peternakan kambing mereka. Jarak genetik terbesar diamati antara Maputo dan populasi Pafuri dan Pafuri dan Cabo Delgado populasi. Hal ini dapat disebabkan oleh fakta bahwa mereka memiliki digambarkan memiliki asal berbeda. The Maputo, Tete, dan Cabo Delgado kambing berasal dari jenis yang sama dan digambarkan fenotipik sebagai kambing Landim (Gall, 1996; Morgado, 2000). Di sisi lain, kambing Pafuri ditemukan di daerah kering spesifik Mozambik disebut Distrik Pafuri dan mereka dihasilkan dari persilangan antara Boer jantan dan betina Landim (Gall, 1996). Dalam penelitian yang dilakukan di Afrika Selatan pada jarak genetik antara ras kambing yang berbeda, ditemukan bahwa panel ini dari 17 mikrosatelit sudah cukup untuk menentukan perbedaan antara trah (Visser et al, 2004, Kotzé et al, 2004). Keandalan ini spidol sehingga dapat berkontribusi pada identifikasi akurat keturunan. Diferensiasi genetik Aliran gen tertinggi (8,36) diamati antara Tete dan populasi Maputo dan terendah (4,31) antara Pafuri dan Cabo Delgado populasi (diagonal top Tabel 3.5). Nilai FST berkisar dari 0,047 (Tete dan Maputo) ke tertinggi populasi genetik berbeda dengan nilai 0,081 (Pafuri dan Cabo Delgado) (di bawah diagonal Tabel 3.5). Hasil penelitian menunjukkan bahwa Pafuri dan Cabo Delgado populasi adalah yang paling berbeda di semua populasi kambing Mozambik. Yang dapat dijelaskan oleh jarak antara mereka seperti dapat dilihat pada peta koleksi sampel (Gambar 3.1) dan perbedaan keturunan mana mereka berasal (Gal, 1996). Perbedaan genetik yang diamati antara populasi tinggi (P <0,001) untuk seluruh populasi bahkan jika harga FST rendah diperoleh, menunjukkan bahwa ada tingkat yang signifikan pembedaan antara populasi. Bahwa perbedaan antara populasi mungkin menyarankan pemilihan lokal dan adanya mungkin ecotypes atau berkembang biak di daerah yang berbeda dan lingkungan. 44 Analisis varian molekul (AMOVA) Dalam rangka untuk memahami partisi dari tingkat keragaman genetik Mozambik kambing, analisis AMOVA dilakukan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 93,72% dari total keragaman genetik terjadi dalam populasi sementara 6,28% terjadi di antara populasi. Nilai lebih rendah dari yang ditemukan dalam keragaman genetik di Swiss trah kambing berdasarkan penanda mikrosatelit oleh Saitbekova et al (1999), yang menemukan bahwa 17% dari total keanekaragaman antara benih dan 83% dari keanekaragaman itu dalam keturunan. Dalam hubungan genetik antara populasi kambing 12 Cina adat berdasarkan analisis mikrosatelit oleh Li et al (20029, 10,5% dari total variasi antara populasi dan 89,5% adalah dalam populasi. Ini juga ditemukan oleh Chenyambuga (2002), dalam karakterisasi genetik populasi kambing asli sub-Sahara Afrika menggunakan penanda DNA mikrosatelit. Penugasan test (Geneclass 2.) Sebanyak 135 kambing (84,38%) adalah benar ditugaskan dalam setiap dari empat populasi. Tingkat kepercayaan adalah 99% (Lampiran 3). Dalam populasi Maputo total (22,5%) kambing yang terlewat dan jumlah tertinggi miss-hewan yang ditugaskan adalah lima terjawab pada populasi Tete. Dalam populasi Pafuri total (17,5%) kambing yang terlewat dan jumlah tertinggi hewan miss-ditugaskan ditemukan sebagai Maputo populasi kambing (4). Pada populasi Cabo Delgado enam kambing (15%) adalah merindukan dan jumlah tertinggi hewan miss-ditugaskan adalah empat ditugaskan dalam Tete penduduk. Sebanyak (10%) kambing dalam populasi Tete adalah miss-ditugaskan. Secara umum, hasil penelitian menunjukkan bahwa tugas miss tertinggi ditemukan di Maputo populasi kambing yang ketinggalan ditugaskan dalam populasi kambing Tete. Dalam konkordansi dengan diferensiasi genetik, arus gen tertinggi (8,36) diamati antara Tete dan populasi Maputo dan ini dapat didukung oleh asal mereka (fenotipik klasifikasi) dan masuknya kambing dari Tete ke Pafuri. Hasil tak terduga yang ditampilkan di Pafuri dengan empat kambing miss-ditugaskan dalam Maputo dan dua dalam Tete populasi. Alasan yang mungkin adalah bahwa keturunan adalah persilangan antara Landim 45 kambing mana Maputo dan kambing milik Tete dan berkembang biak Boer (Gall, 1996; Morgado, 2000). Penugasan dari populasi kambing Delgado Cado di konkordansi dengan Analisis dilakukan dengan menggunakan program komputer RST-calc untuk menentukan nilai RST antara populasi dalam mode berpasangan (Tabel 3.6), dimana nilai diamati untuk RST dan aliran gen menunjukkan perbedaan genetik terendah antara Cabo Delgado dan Tete populasi. BAB 5 KESIMPULAN Ini adalah pertama kalinya bahwa kambing Mozambik telah dipelajari pada tingkat molekul. Studi ini memberikan informasi penting bagi konservasi masa depan Mozambik kambing sumber daya. Oleh karena itu, adalah alat yang ampuh untuk pembibitan perbaikan karena akan memungkinkan pelestarian keturunan lokal dan pengendalian persilangan di masa depan Restocking program. Penanda mikrosatelit yang digunakan dalam penelitian ini ditemukan bermanfaat dan informatif bagi mempelajari keragaman genetik pada kambing Mozambik. Keragaman genetik populasi kambing Mozambik tinggi, seperti ditunjukkan oleh berarti jumlah alel dan heterozygosities diharapkan diamati untuk populasi. The hasil AMOVA menunjukkan bahwa sebagian besar keragaman bagi kambing Mozambik penduduk yang ditemukan dalam penduduk yang, daripada antara setiap geografis atau fenotipik pengelompokan. Hasil jarak genetik mengungkapkan hubungan dekat antara Tete dan Maputo penduduk yang kambing. Ada variasi genetik yang cukup dalam penduduk yang kambing Mozambik, dengan berbeda diferensiasi genetik antara Cabo Delgado dan kambing Pafuri dan Maputo dan Kambing Pafuri yang dapat menyarankan bahwa mereka keturunan benar-benar berbeda. Pada uji tugas, 84,38% adalah benar ditugaskan untuk penduduk asli mereka. Jadi, empat penduduk yang penelitian secara genetik berbeda. Tinpus,,,